Kryptogamer, vetenskapligt namn Cryptogamae, är en föråldrad taxonomisk grupp levande organismer (svampar, växter, bakterier) som sprider och förökar sig medsporer. De saknar helt ståndare och pistiller. Exempel på kryptogamer är mossor, svampar och ormbunksväxter. Hela växtriket delades in i kryptogamer och fröväxter(fanerogamer). Benämningen representerar inte längre någon taxonomisk gruppering, och det är en mycket heterogen grupp.

Kryptogamerna kallades också "sporväxter", men det begreppet är missvisande eftersom även fröväxternas han- och honorgon bildas ur sporer (mikrospor inuti hankotten/hanblomman resp. megaspor inuti honblomman/honkotten). Dock sprids aldrig fröväxternas sporer utan istället sprids pollen och frön. Hos kryptogamerna ("sporväxterna") däremot är sporerna den direkta spridningsenheten.

Begreppet kryptogamer härrör från den tid då man till växtriket förde alla organismer som inte hade egen rörelseförmåga. Linné kallade alla växter som saknade ståndare och pistiller för kryptogamer (som betyder "hemligt bröllop").